La infección causada por *Virus  Papiloma Humano* (VPH) es la enfermedad de transmisión sexual más común en el mundo y  vincula  genotipos de alto riesgo con carcinogénesis cervical en mujeres. Sin embargo,  poco conocida es la frecuencia de infección por VPH en hombres, quienes presentan condilomas o son portadores asintomáticos; tornándose  un problema emergente de Salud Pública. El presente estudio evaluó Multiplex Nested-PCR (NMPCRs) como técnica de diagnóstico para determinar la presencia de genotipos  bajo riesgo (BR) 06/11, 42 y 43 y; de alto riesgo (AR) 16, 18, 31, 33, 39, 52, 58, 59, y 68 empleando iniciadores consensus GP-E6-3F (f); GP-E7-5B y GP-E7-6B (r) e iniciadores específicos de cada genotipo en 4 cocteles que diferencien los genotipos por el tamaño de su producto amplificado. A partir de ADN extraído a 29 muestras al azar (25 de cepillado en pene/Machala y; 4 de verrugas anales - ano/ Guayaquil) se observó   59% de muestras positivas (17/29) con genotipos 43, 16, 6/11, 42,58 y 52 en  mayor porcentaje de incidencia  (31%, 28%, 24%, 24%, 14%, 10%, respectivamente)  El genotipo de AR 59 no amplificó en ninguna de las muestras evaluadas. Observándose  también un alto porcentaje de muestras con infección simple (un solo genotipo), seguido de  infecciones múltiples (mayor a 3 genotipos),  infecciones dobles (dos genotipos) y finalmente infecciones triples (3 genotipos);  con  41% (*n=7*), 29% (*n=5*), 18% (*n=3*), 12% (*n=2*) de  muestras positivas, respectivamente. En conclusión, la técnica aplicada es sensible y específica para  detección de genotipos VPH circulantes en la población. Se debe investigar  una  población extensa, otros genotipos, técnicas de alto rendimiento y bajo costo para develar robusta  información y elevar la calidad de vida ecuatoriana.